有機肥中含有的或分化發(fā)生的某些物資對植物根系具備克制感化，如秸稈在分化進程中常釋放出大趁的有機酸積聚于作物根部而迫害根系，尤其是低級飽和脂肪酸對作物的迫害性更大。常見的有機酸無害性次序為:丁酸>丙酸>乙酸>甲酸>草酸。在水田嫌氣條件下，秸稈可分化發(fā)生香草酸、P一香豆酸、丁香酸、兒茶酸、阿魏酸等腐解產(chǎn)品，它們不但能克制種子萌生，還會損害作物幼根.乙酸濃度大于1x10'3mg}L''時，能低落作物對P, K和Si等有機營養(yǎng)的吸收功能。

貴州有機肥不同來源的有機肥可能含有一些特殊成分，如城市污水和污泥中含有一些無害重金屬元素，這類有機肥如果不經(jīng)處理或處理不當(dāng)而直接施入農(nóng)田，不可避免地會造成土壤中重金屬的積聚，一旦進入食物鏈中將會迫害人體康健。在當(dāng)前，為提高植物肉、蛋產(chǎn)量，削減發(fā)病率，畜牧業(yè)生產(chǎn)往往使用各種添加劑，如發(fā)展激素、抗生素和有機砷酸、含銅化合物等，這些物資最終都不程度隨植物糞尿排出，是以，歷久施用糞肥就可能招致其中一些無害物資在土壤中積聚。

據(jù)Chang等和Kingery等研討報導(dǎo)，在歷久大批施用糞肥的條件下，土壤表層Cu, Zn有顯著積聚。重金屬對土壤的凈化經(jīng)常是永遠性的，并且在很大程度上是不可逆進程.是以，施用污泥類有機肥必需鄭重，一些國家還制定了土壤重金屬最大容許負(fù)荷目標(biāo)。

多半有機廢棄物如糞尿類、堆肥類和城市垃圾等都攜帶一些病原菌等，它們不僅對土壤康健無害，并且通過不康健土壤流傳病菌，進而影響植物發(fā)展和迫害人類康健。某些有機肥如畜禽糞便與污泥中還含有一些難分化的有機物資，它們經(jīng)常隨污水排放進入水體，并且也可在土壤中歷久殘留，使水體和土壤發(fā)生凈化。

另有就是部門有機肥廠商的不正軌招致，因為裝備工藝不完善招致產(chǎn)品發(fā)酵不完整。而有機肥不完整發(fā)酵，那末對作物會呈現(xiàn)嚴(yán)重?fù)p害，像燒苗、熏棵，甚至于招致土壤板結(jié)等征象。此類事輕易防備，抉擇一個正軌的好品牌就能夠。比方說沐之農(nóng)牌“奇田大盛”生物有機肥：采納畜禽糞便、農(nóng)業(yè)有機廢棄物等有機物料，經(jīng)微生物熟腐發(fā)酵，應(yīng)用當(dāng)代生產(chǎn)工藝和微生物分解技巧，完整發(fā)酵。